Có rất nhiều nguyên nhân gây ô nhiễm môi trường biển, hải đảo như từ các hoạt động phát triển kinh tế, đặc biệt từ các nguồn thải công, nông nghiệp và vận tải biển… Không chỉ riêng Việt Nam, vấn đề khai thác tài nguyên và bảo vệ môi trường biển ở nhiều khu vực, quốc gia đang đứng trước những thách thức.